O Colégio São Domingos ocupa uma área total de 4.000 metros quadrados no bairro de Perdizes.
Um casarão antigo abriga o setor pedagógico e administrativo da escola bem como alguns espaços de uso coletivo, enquanto as salas de aula situam-se em construções mais recentes.
No São Domingos o contraste entre a arquitetura antiga e moderna compõem um ambiente escolar especial.
Além das salas de aula o Colégio dispõe de outros ambientes onde se complementa o trabalho pedagógico:

 Ateliê de artes
 Laboratório de ciências
 Biblioteca
 Quadras poliesportivas
 Sala multimídia
 Sala de informática
 Pátios

Sistema de Sala Ambiente:

A partir do 6º. ano do Ensino Fundamental até o Ensino Médio, as aulas ocorrem no sistema de salas ambiente onde cada professor tem a sua sala de aula dotada de material de apoio específico.
Assim, a cada troca de aula, as turmas se dirigem à sala da disciplina específica, o que promove uma mudança de ambiente enriquecedora ao longo do período de aulas.